شفيق على لائحة المطلوبين

ووجهت لشفيق اتهامات بالفساد بعد إعلانه الترشح للانتخابات الرئاسية. وتقدم عدد من العاملين بوزارة الطيران المدني وشركة مصر للطيران في 12 مايو 2012 بأربع وعشرون بلاغًا إلى النائب العام يتهمونه بإهدار المال العام في مشروع تجديد مطار القاهرة الذي بلغت تكلفته 3,3 مليار جنيه بقروض من البنك الدولي، ومحاباة علاء وجمال مبارك الشريكان في شركة موفنبيك.
كما اتهمه عصام سلطان النائب بمجلس الشعب  ببيع 40 ألف فدان و38 متر تقع على البحيرات المرة لنجلي الرئيس آنذاك، محمد حسني مبارك، بسعر أقل من سعرها الحقيقي.
ونفى شفيق اتهام سلطان ووصفه أنه "يحمل مغالطات وغشا وتدليسا"، كما هاجم شفيق سلطان واتهمه بأنه كان مندوبا لجهاز أمن الدولة لنقل معلومات عن الحركات الاحتجاجية المعارضة للنظام
وكالة أنباء مصر